DontPayFull.com

Trebuie sa includeti "DENSITY = CURRENT" (sau "DENSITY = MP2") in cardul rutei Gaussian pentru a analiza corectiile de nivel superior la densitatea HF.

Nu. Procedura $ DEL utilizeaza operatorul convergent Fock (sau Kohn-Sham) pentru evaluarea energiei cu o singura trecere a unei densitati sterse care difera de densitatea "convergenta" (completa). Prin urmare, acest mesaj poate fi ignorat in siguranta.

Am comparat NPA de la un loc de munca pe Jaguar si Gaussian si am constatat ca multe populatii ale NAO difera in cele doua programe. Cine are dreptate?

Ambele au. Daca sunt utilizate coordonate de intrare interne, diferite sisteme de programe folosesc adesea o alegere diferita a sistemului de coordonate carteziene. In aceste conditii, semnificatia, de exemplu, a "x" este diferita (fata de orientarea moleculara) in cele doua calcule, iar populatiile "p (x)" NAO vor fi diferite in consecinta. Cu toate acestea, cele doua programe ar trebui sa acorde aceleasi populatii ale NAO daca axele de coordonate sunt alese in mod consecvent.

MP2 si metodele perturbative conexe conduc la o densitate aproximativa care nu este in concordanta fizica cu ordinea unei functii de unda N-particule (adica nu N-reprezentabila). Aceste inconsecvente perturbative sunt nesemnificative atunci cand seriile perturbative se comporta bine, dar uneori devin grave (fortand abandonarea analizei NBO) pentru sistemele cu coaja deschisa contaminate cu spin si alte cazuri insuficient convergente. In astfel de cazuri, mesajele de eroare NBO avertizeaza ca densitatea MP2 este nesigura. Cuvantul cheie FIXDM poate suprima unele dintre aceste mesaje de eroare, dar nu poate "corecta" pentru o expansiune perturbativa fizic non-convergenta.

Suspendarea rezulta probabil dintr-un caz in care a fost detectata hipervalenta aparenta si programul a incercat sa repornească NRT cu optiunea NRTFDM utilizand matricea de densitate completa (mai degraba decat valenta), dar fara memorie suficienta pentru a gazdui structurile de referinta necesare. (Cautați mesajul "hipervalenta aparenta" in partea de jos a fisierului .LOG pentru a vedea daca acest tip de blocare este probabila.) Solutia este de a furniza o memorie suplimentara pentru posibile cazuri hipervalente si / sau de a include cuvantul cheie NRTFDM astfel incat Matricea de densitate completa este utilizata de la inceput. In acest caz, memoria inadecvata va duce la o abandonare precoce, mai degraba decat o infinita.

NBO evalueaza "energiile orbitale" si energiile de stabilizare de ordinul doi doar atunci cand exista un operator hamiltonian eficient, definit cu 1 electron, bine definit (de exemplu, operatorul Fock sau Kohn-Sham). Un astfel de operator nu este disponibil pentru descrieri corelate, cu excepția celor de tip DFT.

Probabil ca nu. "Inversiunea" (ordonarea ocuparii inconsistente cu ordonarea energiei) apare, probabil, in cazul orbitalilor de tip Rydberg cu grad de ocupare foarte scazut sau aproape degenerat in ocupare sau energie, astfel incat sa nu fie indicate efecte fizice semnificative. Cazul contrar al unei "inversiuni" care implica orbitale cu grad ridicat de ocupare, non-degenerate indica o stare excitata.

Utilizati directiva compilatorului

G77 -Wno-globale -fno-globale gennbo.f -o gennbo

Pentru a ocoli verificarile pentru o consistenta stricta intre listele definite de argumentele subrutinelor.

Bibliotecile utilizate de NBOView nu sunt disponibile in mod constant pe modelele mai noile Macintosh. Puteți utiliza Xcode 3.1.2 (descarcat de pe site-ul Apple Developers Web) si compilatorul gnu gcc4.4 pentru mac macs (descarcat de la http://hpc.sourceforge.net/) pentru a compila si a lega programul NBOView cu urmatoarele comenzi (Folosind aplicatia Terminal):

(1) Compilati programul draw.c cu compilatorul gnu folosind urmatoarea comanda gcc:

Gcc -c -D_XWINDOWS -D_MACOSX desen.c

(2) Acum compilati codul forb nboview.f si conectati-l la fisierul obiect draw.o si biblioteca X-windows cu compilatorul gnu folosind urmatoarea comanda gfortran:

Gfortran nboview.f draw.o -L / usr / X11R6 / lib -lX11 -o nboview

(3) In final, eliminati fisierul obiect draw.o:

Rm draw.o

Ar trebui sa aveti acum un program nboview executabil care poate fi invocat prin tastarea ./nboview din aplicatia Terminal.

Din motive obscure, sistemele Mac OSX pe 64 de biti trebuie sa fie selectate cu optiunea "numar intreg de 32 de biti" pentru a fi utilizate cu compilarele disponibile open-source. Codul gennbo.f rezultat poate fi apoi compilat cu gfortran (nu g77, care se pare ca se afla la sfarsitul ciclului sau de dezvoltare), folosind, de exemplu,

Gfortran gennbo.f -o gennbo_32

(Ignorati numeroasele avertismente despre conversia INTEGER HOLLERITH.) Acest lucru produce un gennbo_32.exe care ar trebui sa ruleze cu succes ca o aplicatie pe 32 de biti.

O optiune de integrare a fost modificata in G09 care afecteaza toate evaluarile $ DEL cu metode DFT. Toti utilizatorii G09 ar trebui sa redeschida astfel de locuri de munca cu lucrul IOp de lucru ilustrat mai jos:

# B3LYP / 6-31 + G * Pop = NBODel SCF = NoVarAcc IOp (5/48 = 100000)

Eroarea afecteaza actuala revizie C (12/15/2011) si versiunile anterioare A, B din G09, dar trebuie remediata in viitoarele revizuiri.

Compilatorul g77 nu gaseste bibliotecile partajate necesare. Sunt necesari doi pasi pentru a remedia acest lucru:

Pasul 1 (in terminal):

LIBRARY_PATH = / usr / lib / i386-linux-gnu: / usr / lib / gcc / i486-linux-gnu: $ LIBRARY_PATH
Export LIBRARY_PATH

Pasul 2 (in terminal, in directorul i486-linux-gnu):

Sincronizarea rupta cu libraria libgcc_s.so lipsa (/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/libgcc_s.so) poate fi reparata cu comanda:

Sudo ln -s /lib/i386-linux-gnu/libgcc_s.so.1 libgcc_s.so

Apoi, comanda de compilare g77 a lui Q13 ar trebui sa functioneze corect.

Nimic. Valorile donor-acceptor E (2) (sau chiar orice observabile mecanice cuantice) pot depinde numai de patratul absolut al functiei de unda, nu de faza (semnul) orbitalilor individuali. Intr-adevar, semnul oricarui ansamblu de suprapunere donor-acceptor particular va depinde de alegerea arbitrara a sistemului de coordonate care nu are semnificatie fizica. In teoria perturbarii care conduce la valorile E (2), coeficientii de amestecare perturbativi pentru orbitele donatoare sau acceptoare ale fazei "gresite" vor fi luate automat cu semnul opus pentru a mentine relatia de "legare" in faza. [Puteti verifica acest lucru vazand detaliile rezultatului NLMO, in care NBO-urile donor si acceptor vor fi gasite sa se amestece cu semne opuse atunci cand elementul matricei directe Fock (sau asociat PNBO asociat integral) al numaratorului E (2) apare Fi de semn "rau".] Daca vizualizati orbitalii cu NBOView, nu ezitati sa utilizati comanda SIGN cu buna constiinta pentru a inversa orice semn orbital particular si pentru a restabili suprapunerea aateptata in faza a orbitalilor donatori si acceptori.

O modificare a unei singure linii a codului sursa NBO 5.9 trebuie facuta astfel incat sa fie legata corespunzator la G09 D.01. Cautati fisierul l607.F pentru NBO 5.9 pentru prima (si numai) aparitie a instructiunii (langa linia 43.856):

IF (IOP (40). GE.2)

Introduceti linia

IOP (40) = IOP (40) - 1

Imediat inainte de aceasta declaratie. Continuati sa construiti G09. Rezultatul executabil l607.exe ar trebui sa fie un NBO complet functional 5.9. Aceasta modificare la sursa NBO 5.9 nu ar trebui facuta pentru versiunile G09 pre-D.01.

Daca se solicita functii sferice (ISPHER = 1 in $ CONTRL), GAMESS elimina componentele cartesiene (de exemplu, componenta s a unei carteziene d de tip cartesian) de la examinarea evaluarii SCF a functiei de unda. Cu toate acestea, toate informatiile transmise de GAMESS catre NBO despre aceasta functie de unda (suprapunerea AO, matricea Fock, matricea densitatii etc.) este inca exprimata in setul complet cartezian, mai degraba decat setul sferic trunchiat. NPA va raporta, de exemplu, ca un atom C are patru functii tip s, atunci cand se utilizeaza 6-31G * sferice, desi numai trei dintre aceste functii au fost de fapt luate in considerare in procedura SCF.

In principiu, componentele suplimentare cartesiene ale setului de baza ar trebui sa dezvaluie ocupari exact zero. In practica, totusi, sunt raportate ocupatii mici (adesea de ordinul 0.00001-0.00010e). Aceste ocupatii apar datorita faptului ca vectorii spatiului cartesian AO pe care GAMESS il elimina nu sunt exact componentele extra carteziene ale setului de baza. Acesti vectori au caracter cartesian considerabil, dar pot include si o amestecare destul de puternica cu alte functii de baza.